Ha fornito il software per la raccolta dati del più grande studio internazionale sulle implicazioni genetiche legate alla malattia e sui farmaci da riutilizzare per curarla.
Raccogliere, condividere e analizzare i dati della malattia generata dal SARS-COV-2 per scoprire gli aspetti genetici che determinano la suscettibilità al virus, la tipologia e la gravità dei danni provocati da esso. È questo lo scopo di COVID-19 HOST GENETICS, la più grande iniziativa internazionale di genetica umana guidata da Stanford University e University of Helsinki e di cui fanno parte più di 140 università e centri di ricerca.
In Italia vi hanno aderito già già 21 ospedali, che raccoglieranno da pazienti affetti da COVID-19 campioni biologici che verranno analizzati grazie al supporto logistico e laboratoristico dell’Università di Siena. La startup italiana Allelica fornirà la tecnologia in grado di raccogliere e rendere confrontabili i dati clinici di tutto il mondo, riducendo il carico di lavoro per gli operatori sanitari.
Individuare i soggetti più a rischio della malattia
Con la scoperta degli aspetti genetici dell’infezione sarà possibile indagare la riproposizione di cure e farmaci già in uso per altre malattie, attività attualmente affidata alle intuizioni dei singoli medici. Sarà inoltre possibile sviluppare test per individuare i soggetti a maggior rischio di sviluppare le manifestazioni cliniche più severe del COVID-19, quali polmonite interstiziale, ARDS, e insufficienza multiorgano, capaci di condurre al decesso. L’identificazione di tali soggetti permetterebbe di prioritizzare la somministrazione di un’eventuale vaccino.
Per sostenere il progetto COVID-19 HG Allelica ha realizzato un software che gli operatori sanitari useranno per raccogliere dati dai loro pazienti e mantenere un collegamento con essi dopo le dimissioni, così da raccogliere ulteriori elementi circa il decorso post infezione, ancora sconosciuto alla scienza. La tecnologia sviluppata dalla startup è stata messa gratuitamente a disposizione di tutti i centri di ricerca coinvolti nell’iniziativa.
L’intervista
Abbiamo rivolto alcune domande a Giorgio Bottà, biologo molecolare e CEO di Allelica.
Dottor Bottà, in che modo siete stati coinvolti nell’iniziativa COVID-19 HG?
Allelica aveva uno studio già in corso sulla genomica del COVID-19 col professor Maurizio Sanguinetti (Policlinico Gemelli di Roma) e il professor Massimo Galli (Ospedale Sacco di Milano). I dati di questo studio saranno messi a disposizione dei ricercatori di tutto il mondo che afferiscono all’iniziativa che raccoglie i dati da più di 160 studi. Quello che sta succedendo non ha precedenti nella storia della scienza moderna. È un movimento spontaneo di centinaia di ricercatori uniti per raggiungere un obiettivo comune nel minor tempo possibile.
Quanti e quali tipi di dati vengono analizzati grazie alla vostra tecnologia?
Ci sono due software coinvolti: il primo è la piattaforma di data collection che raccoglie dati dai pazienti ospedalizzati COVID; Il secondo è la piattaforma per analisi del Polygenic Risk Score, che permette di scoprire quali variazioni genetiche sono coinvolte nella severità della malattia. Ogni settimana aderiscono alla prima nuovi Ospedali Europei e Nord Americani, mentre il numero di dati complessivi analizzati dipenderà da quanti nuovi campioni riusciremo a collezionare e da quelli già presenti nelle Biobank e quindi già analizzati in passato: i partecipanti alle Biobank che si sono ammalati e che hanno dato il loro consenso rientreranno nello studio. Le stime sono sulle decine di migliaia.
Il vostro primo impegno è la distribuzione di un algoritmo per calcolare il rischio genomico di infarto. Quali sforzi tecnologici avete dovuto sostenere per intraprendere questo nuovo percorso?
La piattaforma per data collection è stata sviluppata de novo. Grazie al supporto volontario di un’azienda specializzata in applicazioni mobile (fuoricittà.it) è stato possibile sviluppare App native in sole due settimane. Quella per la data analysis è la stessa che offriamo di routine ai ricercatori per lo studio di altre patologie.
Abbiamo dovuto effettuare una modifica per permettere all’algoritmo di considerare regioni del genoma caratterizzate da differenti pattern di associazione genetica, come per esempio il sistema dell’antigene leucocitario umano, che codifca per le proteine convolte nella risposta immunitaria contro i patogeni. Siamo entusiasti di essere riusciti a modificare il software e l’algoritmo nei tempi necessari, dimostrando una grande versatilità delle sue applicazioni aprendo nuovi scenari di utilizzo in diverse patologie.
L’investimento di Pi Campus
Allelica è stata fondata nel 2017 da un team di ricercatori dell’University of Oxford e Università di Roma “La Sapienza”: il CEO Bottà, George Busby (genetista) e Paolo Di Domenico (informatico). La startup ha ricevuto il primo investimento da Pi Campus, società di venture capital fondata da Marco Trombetti, che investe in intelligenza artificiale ed eccellenze italiane. Tra le realtà sostenute con successo nell’ambito dell’healtcare Cambridge Cancer Genomics, che si occupa di oncologia di precisione basata sui dati e sulla risposta al trattamento; e Sixfold, specializzata in sistemi di somministrazione di farmaci sicuri ed efficaci per la terapia cellulare e genetica.
