Chiunque, installando un software sul pc, può condividere la potenza inutilizzata della propria Cpu e sostenere la richiesta di calcolo delle complesse simulazioni informatiche che studiano la “proteina spike” del Covid-19
Il progetto si chiama Folding@home ed è stato lanciato dall’università di Stanford. Sfrutta la capacità computazionale condivisa dei computer che aderiscono all’iniziativa, ovviamente anche di privati, per contrastare il nuovo coronavirus. Nello specifico, per simulare a livello informatico il complesso processo del ripiegamento di proteine la cui analisi approfondita ci aiuterebbe a capire come affrontare sindromi come quella di Alzheimer, alcuni tipi di cancro, la Sars e appunto alcuni tipi di coronavirus fra cui quello che sta spaventando il mondo nelle ultime settimane.
Che cos’è il ripiegamento proteico
Il ripiegamento proteico è infatti la fase, contemporanea e seguente alla sintesi proteica, attraverso cui le proteine ottengono la loro struttura tridimensionale. Si tratta di una sorta di auto assemblamento intramolecolare al termine del quale la proteina assume la sua funzione specifica. Adesso Stanford cerca volontari che mettano a disposizione le proprie macchine per aiutare la ricerca sul Covid-19.
“Sia per il coronavirus che per la Sars il primo passo dell’infezione avviene nei polmoni, quando una proteina sulla superficie del virus si aggancia a una delle cellule polmonari. Questa proteina virale si chiama proteina spike – si legge sul sito del progetto – ma le proteine non sono stabili, si muovono, si piegano e si riaprono per assumere numerose forme. Dobbiamo dunque studiare non solo una forma della proteina spike ma tutti i modi in cui la proteina si muove e si piega in strutture alternative”. Con questi risultati si potrebbero aiutare i ricercatori a sviluppare farmaci in grado di trattare l’infezione.
In altre parole la proteina spike è quella che il virus utilizza per aggredire le cellule e invaderle per moltiplicarsi. La sua mutazione ha consentito al Covid-19 di fare il cosiddetto salto di specie da pipistrello a uomo, forse con altri passaggi intermedi.
La potenza di calcolo condivisa
Tornando alla Stanford, il punto è che quel tipo di simulazione informatica richiede un’elevata potenza computazionale. Il progetto consiste nel sottrarne ai computer che partecipano al progetto, ovviamente quando questi non vengono utilizzati. Per partecipare bisogna scaricare un software specifico messo a punto dal Fah (puoi farlo qui): in questo modo le risorse inutilizzate della Cpu del proprio computer finiranno per alimentare le attività del Consorzio Folding@home “dove un team di ricerca al Memorial Sloan Kettering sta lavorando per approfondire le nostre conoscenze sulla struttura di potenziali farmaci che aggrediscano il 2019-nCoV e possano aiutare a programmare nuove terapie”. Il Memorial Sloan Kettering (foto sotto) è un centro per la ricerca e il trattamento del cancro fondato nel 1884 a New York.
“Con tanti computer che lavorano insieme per lo stesso obiettivo – si legge ancora nell’appello lanciato da Gregory Bowman, professore associato di biochimica e biofisica molecolare e docente di chimica alla Washington University di St. Louis – puntiamo a sviluppare un rimedio terapeutico il più rapidamente possibile”. I dati che usciranno da questo sforzo collettivo sulla proteina spike e su altri aspetti del virus saranno rapidamente messi a disposizione in modo aperto come parte di una collaborazione “open science” di diversi laboratori nel mondo. Dando una mano ai ricercatori sul campo.
